Der promovierte Historiker ist in Trogen aufgewachsen und wohnt in Teufen, ist verheiratet und hat zwei erwachsene Kinder. Seit 2006 ist Matthias Weishaupt Mitglied des Regierungsrates von Appenzell Ausserrhoden und ab 2016 neu Vorsteher des Departements Gesundheit und Soziales. Als Landammann ist Weishaupt bis 2017 gewählt. Er bezeichnet sich als interessierter Bürger, mit starken Wurzeln im Appenzellerland und einem wachen Auge für die kulturellen, sozialen und wirtschaftlichen Veränderungen im Kanton, in der Schweiz, in Europa und in der Welt. Für 2016 strebt Weishaupt zusammen mit dem Regierungsratskollegium eine optimale Zusammenarbeit in der reorganisierten kantonalen Verwaltung (neu fünf Departemente) sowie die Umsetzung des Regierungsprogramms 2016 bis 2019 an.