Walter Schönholzer verantwortet als Chef des Departements für Inneres und Volkswirtschaft auch den öffentlichen Verkehr im Thurgau. Der Kanton beauftragt den Regionalverkehr bei den Bahn- und Busunternehmen und verbessert diesen stetig. Auch über die Schweizer Grenze hinaus wird der Regionalverkehr ausgebaut. Seit 2022 verkehren am Wochenende alle zwei Stunden direkte S-Bahnen zwischen Romanshorn und Lindau, das Werktagangebot wird schrittweise ausgebaut. Ab Dezember 2027 soll der Hochrhein-Bodensee-Express Herisau–St.Gallen–Romanshorn–Konstanz–Singen–Schaffhausen–Basel verkehren. Ende 2023 hat Schönholzer die Grundlagenvereinbarung für dessen Finanzierung mit den neun Vertragspartnern unterzeichnet.